Übersicht zum Nachweis von Virusvarianten und zur Sequenzierung SARS-CoV-2-positiver Proben gemäß CorSurV

Ende Dezember 2020 fiel in Großbritannien eine neue Virusvariante (B.1.1.7) auf, die in bestimmten Regionen des Landes innerhalb kürzester Zeit zur dominanten Virusvariante wurde.  Es wird derzeit intensiv untersucht ob sich bestimmte Mutationen auf die Eigenschaften des Virus wie z.B. Übertragbarkeit, Virulenz oder Immunogenität auswirken.  Die aktuellen Daten deuten darauf hin, dass die neue Virusvariante B.1.1.7 sich durch eine erhöhte Übertragbarkeit auszeichnet.  Auch in Deutschland ist die Corona-Mutation B.1.1.7 inzwischen nachweisbar.

Vergleichbar zu der Britischen Variante wurden auch in Südafrika (B.1.351) und Brasilien (B.1.1.28) Virusvarianten nachgewiesenen, die sich mit einer hohen Geschwindigkeit verbreiten.  Im Unterschied zur Virusvariante B.1.1.7. deuten erste Daten darauf hin, dass bei diesen beiden Virusvarianten Veränderungen an den Spiking-Proteinen in der Virushülle auftreten, die zu einer verminderten Affinität der Antikörper führen können, die im Rahmen einer Infektion mit der ursprünglichen Virusvariante gebildet wurden.  Hierdurch könnte das Risiko für eine Reinfektion zunehmen.

Für die Detektion dieser SARS-CoV-2 Virusvarianten stehen unterschiedliche Möglichkeiten zur Verfügung:  Einerseits die aufwändige, teure und relativ langwierige Ganzgenom-Sequenzierung des Virus, andererseits das schnelle und verhältnismäßig kostengünstige PCR-Mutationsscreening. Für die meisten Fragestellungen ist das PCR-Mutationsscreening ausreichend. Für die Sequenzierungsuntersuchungen erschien am 19.01.2021 die neue Coronavirus-Surveillanceverordnung (CorSurV); für das PCR- Mutationsscreening gilt die am 27.01.2021 geänderte Coronavirus-Testverordnung (TestV).  Für das PCR-Mutationsscreening wurde die Übernahme der Kosten bei begründeten Verdacht (§4 „Testungen zur Verhütung der Verbreitung des Coronavirus SARS-COV2“) durch den Bund inzwischen sichergestellt.

PCR-Mutationsscreening

Für eine schnelle und zielgerichtete Diagnostik dieser neuen Varianten können im begründeten Verdachtsfall, bei positiver Screening-PCR, mit zwei PCRs die typischen Mutationen dieser Virusvarianten bestätigt oder ausgeschlossen werden:  Diese sind UK B.1.1.7, South Africa B.1.351, Brasil B.1.1.28, Nigeria B.1.1.238 und COH-20G B.1.2.

Die Mutations-PCR ist nur durchführbar bei einem Ct-Wert von ≤ 35.  Bitte vermerken Sie auf dem Anforderungsschein zur Untersuchung auf SARS-CoV-2 auch, ob eine Mutations-PCR gewünscht ist.

Ganzgenom-Sequenzierung

Um einen besseren Überblick über die in Deutschland zirkulierenden Varianten des Coronavirus zu bekommen, fördert die Bundesregierung die bundesweite Genomsequenzierung der Viren.  Mit Hilfe der Sequenzdaten kann die Evolution der Viren und das Auftreten neuer Varianten frühzeitig entdeckt werden.  Auch der Eintrag neuer Varianten aus dem Ausland kann so zeitnah festgestellt werden.

Die wesentlichen Regelungen der Coronavirus-Surveillanceverordnung (CorSurV) sind:

• Einrichtungen und Laboratorien, die eine SARS-CoV-2 Diagnostik durchführen, jedoch selbst keine Genomsequenzierung vornehmen, sollen einen bestimmten Anteil der positiv auf SARS-CoV-2 getesteten Proben in andere Laboratorien und Einrichtungen zur Durchführung der Sequenzierung einschicken.
• Der Anteil der positiv auf SARS-CoV-2 getesteten Proben, die an sequenzierende Laboratorien und Einrichtungen eingesendet werden können, hängt ab von der bundesweiten Anzahl der Neuinfektionen in der jeweils vergangenen Kalenderwoche. Übersteigt diese Zahl 70.000, so können 5 % der positiv getesteten Proben zur Sequenzierung eingesendet werden. Bei einer niedrigeren Zahl an Neuinfektionen erhöht sich dieser Anteil auf 10 %.
• Laboratorien und Einrichtungen, die Sequenzierungen von SARS-CoV-2 vornehmen, sind verpflichtet, die erhobenen Genomsequenzdaten an das Robert-Koch-Institut zu übermitteln.

Das RKI hat eine Handlungsanleitung für primär diagnostizierende Labore zur Auswahl von SARS-CoV-2-positiven Proben für die Sequenzierung im Rahmen der CorSurV erlassen: https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/DESH/Handlungsanleitung_Labore.html

Nach den dort festgelegten Kriterien sollten folgende Proben zur Genomsequenzierung untersucht werden:

1. Sequenzierung zufällig ausgewählter Proben der jeweiligen Vorwoche mit Ct-Wert ≤ 25
2. Sequenzierung von Proben mit einem epidemiologischen oder labordiagnostischen Verdacht auf das Vorliegen einer neuen Variante von SARS-CoV-2 (Variant of Concern).

Weitere Indikationen sind:

• Laborergebnisse mit Hinweis auf Variante (o.g. PCR-Mutationsanalyse)
• Hinweise auf eine Exposition gegenüber neuartigen Varianten von SARS-CoV-2:
• ein erhöhtes Übertragungspotenzial (z.B. Fall war selbst Kontaktperson eines Falles mit Mutationsnachweis)
• unerwartete Krankheitsschwere
• Impfdurchbrüche (Erkrankungsfälle bei Geimpften)
• ungewöhnliches Ausbruchsgeschehen
• vermutete zoonotische Infektion
• Verdacht auf Reinfektion
• Reiseanamnese (Aufenthalt in Ländern, in denen das Auftreten neuer Varianten bekannt geworden ist).

Hinweise zur SARS-CoV-2-Sequenzierung nach Coronavirus-Surveillanceverordnung (CorSurV) für Labore, die die Sequenzierung nicht selbst durchführen

-      Die Proben sollten den Vorgaben der CorSurV entsprechen.

-      Nur positive Proben mit Ct-Wert ≤ 25 können sequenziert werden.

-      Maximal 5 % der positiven SARS-CoV-2-Proben aus der Vorwoche können sequenziert werden.  Bei bundesweit < 70.000 Neuinfektionen pro Woche können maximal 10 % untersucht werden.

-      Proben müssen in Guanidinhydrochlorid Medium eingeschickt werden. Hierzu stellt Ihnen das Labor Limbach das entsprechende Medium zur Verfügung (PCR-Medium).

-      Bitte vermerken Sie auf dem Anforderungsschein: „Corona-NGS-Surveillance 5 %“

-      Bitte fordern Sie die Analytik mit einem separaten Schein je Probe an.

Auf dem Laborbefund wird der Nachweis oder Ausschluss von UK B.1.1.7, South Africa B.1.351, Brasil B.1.1.28, Nigeria B.1.1.238 und COH-20G B.1.2 angegeben.

Bitte beachten Sie, dass die Diagnostik der SARS-CoV-2-Varianten mittels PCR-Mutations-screening das Mittel der Wahl zum Nachweis derselben ist.  Eine Ganzgenom-Sequenzierung ist nur innerhalb der Vorgaben der Coronavirus-Surveillanceverordnung (CorSurV) notwendig.

Quellen:

[1] Neue Coronavirus-Surveillanceverordnung des Bundesministeriums für Gesundheit (Stand 18. Januar 2021); www.bundesgesundheitsministerium.de/presse/pressemitteilungen/2021/1-quartal/coronavirus-surveillanceverordnung.html